Sufrió, por tanto, las consecuencias que se derivaron de la rebelión de los moriscos y de la expulsión de éstos, siendo repoblado el núcleo urbano por Felipe II en la segunda mitad del siglo XVI con colonos procedentes de otras regiones españolas.
Henríquez de Jorquera, en sus ‘Anales del Reino de Granada’, ubica la fundación de este municipio en la época musulmana, en el período arábigo-andaluz. No obstante, no precisa su antigüedad. Durante este período, la población se dedicaba a las tareas agrícolas y ganaderas, aprovechando los terrenos forestales de la zona. Más tarde sería conquistado por los Reyes Católicos en su camino hacia Granada. Con la rebelión de los moriscos, éstos fueron expulsados de la población y en la segunda mitad del siglo XVI Felipe II repobló su núcleo urbano con colonos de otros reinos. Según el diccionario de Tomás López y otros documentos, desde esta repoblación y hasta comienzos del siglo XIX se conocía el municipio con el nombre de Gójar de la Vega.